Folgende Arbeitsgruppen und Fachausschüsse sind vom geschäftsführenden Vorstand des BVÖGD eingesetzt. Die Sprecher der Fachausschüsse sind Mitglieder im erweiterten Bundesvorstand. Die Fachausschüsse unterstützen den geschäftsführenden Vorstand bei der inhaltlichen Planung des wissenschaftlichen Bundeskongresses und der Erarbeitung von Stellungnahmen des Bundesverbandes zu spezifischen Fragestellungen:
Fachausschuss Digitalisierung Fachausschuss amtsärztlicher Dienst Fachausschuss Kinder- und Jugendgesundheitsdienst Fachausschuss Gesundheitsberichterstattung (GBE) und Prävention Fachausschuss Psychiatrie Fachausschuss Infektionsschutz Fachausschuss Krisenmanagement Fachausschuss Umweltmedizin